Tutti i vaccini contro la meningite hanno un buon profilo di sicurezza e tollerabilità.

Gli effetti indesiderati più comuni (che si manifestano in più di 1 ogni 10 dosi somministrate) sono rossore, gonfiore e dolore nel sito di iniezione, inappetenza, febbre, sonnolenza, irritabilità. Frequenti sono anche mal di testa, vomito e diarrea. Possono comparire anche reazioni cutanee. Di solito questi effetti compaiono e si risolvono nel giro di pochi giorni. Non comuni (1/100 dosi) sono le convulsioni, incluse quelle febbrili.

Estremamente rare ma descritte, come per qualsiasi altra vaccinazione, sono le reazioni allergiche di varia entità, fino allo shock anafilattico.

Essendo costituiti da alcune parti del batterio, questi vaccini non possono in alcun modo causare la meningite.