I microorganismi che possono causare questa infezione sono molti: virus, batteri o funghi.
Le forme virali sono quelle più comuni, solitamente non hanno conseguenze gravi e si risolvono nell'arco di una decina di giorni.
Le forme batteriche sono più rare ma estremamente più gravi: infatti possono dare sequele permanenti o avere conseguenze letali.
Tre sono i batteri che più frequentemente causano questa malattia: la Neisseria meningitidis (meningococco), lo Streptococcus pneumoniae (pneumococco) e l'Haemophilus influenzae di tipo b (Hib).
La meningite di origine fungina si manifesta soprattutto in persone con deficit della risposta immunitaria, come, ad esempio, i malati di AIDS.